Gaussian(波普 因次获 1998 诺贝尔化学奖)
简介:Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件,可以研究:
分子能量和结构,过渡态的能量和结构,化学键以及反应能量,分子轨道,偶极矩和多极矩,原子电荷和电势,振动频率,红外和拉曼光谱,NMR,极化率和超极化率,热力学性质,反应路径。
计算可以模拟在气相和溶液中的体系,模拟基态和激发态。Gaussian 03还可以对周期边界体系进行计算。Gaussian是研究诸如取代效应,反应机理,势能面和激发态能量的有力工具。
ADF
主页:http://www.scm.com/
简介:专门作密度泛函计算的软件。包括ADF和BAND两部分,ADF部分的简介见下。BAND部分类似,但专门用于计算周期性体系(晶体,聚合物等)。ADF-GUI可以在图形界面下创建ADF计算任务和图形显示结果。当前版本是ADF 2004。
CAChe
主页:http://www.cachesoftware.com/
简介:
CAChe是用于生命科学、材料和化学的计算机辅助化学建模软件包,适用于实验化学家,生物化学家,药物化学家,计算化学研究者,以及高等教育工作者。Cache使用经典和量子力学方法,并有DGauss的图形界面,可以使用密度泛函理论进行计算。它包含很多新的半经验方法,可以计算直到20,000个原子的分子,甚至可以挑战实验精度。CAChe WorkSystem Pro包含BioMedCAChe的所有蛋白质分析工具以及全部量子化学计算程序(MOPAC 2002,Zindo,EHT,DGauss,Gaussian接口)的功能。此外还有多种包含部分功能,用于不同用途的特殊版本。
cerius2
主页:http://www.accelrys.com/cerius2/
简介:
Accelrys公司的材料计算平台,界面友好易用,集成了全面的材料计算工具,包括分子力学、分子动力学、量子力学、Monte Carlo、统计力学以及介观动力学等多种计算方法。在量子化学计算方面,提供的图形界面支持:ADF,CASTEP,CRYSTAL,Gaussian,MOLCAS,MOPAC,DMOL,ZINDO等。
ChemOffice
主页:http://www.camsoft.com/
简介:ChemOffice Ultra 2004包含了:
ChemDraw Ultra 8.0:化学结构绘图
Chem3D Ultra 8.0:分子模型及仿真
ChemFinder Pro 8.0:化学信息搜寻整合系统
此外还加入了E-Notebook Ultra 8.0,BioAssay Pro 8.0,量化软件MOPAC、Gaussian和GAMESS的界面,ChemSAR Server Excel, CLogP, CombiChem/Excel等等,ChemOffice Pro还包含了全套ChemInfo数据库,有ChemACX和ChemACX-SC,Merck索引和ChemMSDX。
可以下载试用版。当前是版本是2005 (9.0)。
hyperchem
主页:http://www.hyper.com/
简介:图形界面,有半经验方法(AM1,PM3等),UHF,RHF和CI和7.0版新增加的密度泛函。可进行单点能,几何优化,分子轨道分析,预测可见-紫外光谱,蒙特卡罗和分子力学计算。主页同时提供试用版下载。
Insight II
主页:http://www.accelrys.com/insight/Insight2.html
简介:Insight II是分子建模与模拟的3D图形界面环境。Insight II集成了分子建模工具、开发工具、力场、模拟和显示工具,以及为生命科学的应用而特别开发的工具于一体,有助于全面了解生物分子的结构与功能。
Materials Studio
主页:http://www.accelrys.com/mstudio/index.html
简介:Materials Studio专门为材料科学模拟所设计,能方便的建立3D分子模型,深入分析有机、无机晶体、无定形材料以及聚合物,可以在催化剂、聚合物、固体化学、结晶学、晶粉衍射以及材料特性等材料科学研究领域进行性质预测、聚合物建模和X射线衍射模拟,操作灵活方便,并且最大限度地运用网络资源
spartan
主页:http://www.wavefun.com/
简介:图形界面的量子化学从头计算程序
Titan
主页:http://www.schrodinger.com/Products/Windows/titan.html
http://www.wavefun.com/software/titan/titan_main.html
简介:Titan在Spartan的图形界面下,执行Jaguar的计算
数学:
matlab --号称是数值大王,有很全面的各类工具箱
www.mathworks.com
maple--号称数学魔法师,具有异常强大的符号计算功能
www.maplesoft.com
mathcad --兼数值,符号,word功能为一体的数学软件,不过各种能力都一般
www.mathsoft.com
Mathematica --其内存管理独树一帜
www.wolfram.com
sas--权威的统计软件,比 matlab中的统计工具箱牛多了
www.sas.com The power to know
spss--统计软件
www.spss.com
statistics--统计软件,,比 matlab中的统计工具箱牛多了
www.statistics.com
Datafit--数值拟合软件
www.oakdaleengr.com/
lindo/lingo--线性和非线性规划,比 matlab中的工具箱好
www.lindo.com
Flexpde--最牛的偏微分方程计算软件
www.pdesolutions.com/
应用:
minitab 质量管理类最常用
www.minitab.com
Ansys--排名靠前的 FEM
www.ansys.com
abacus--排名靠前的 FEM
www.abacuspub.com
algor--通用FEM;
www.algor.com
ISOFT--电磁场计算库
www.isoft.com
fLUENT--英国的流体动力学计算软件
www.fluent.com
Tecplot--流体力学的软件
www.tecplot.com
Netlib--网络并行计算软件
www.netlib.org
FEMLAB也很强,可以直接在Matlab下用
www.comsol.com
for more detail, see below:
matlab
www.mathworks.com
http://matlab.myrice.com
http://mathtools.top263.net/index.html
在当今30多个数学类(为区别于文字处理和作图类而加的修饰词)科技应用软件中,就软件数学处理的原始内核而言,可分为两大类。一类是数值计算(Number Crunching))型软件,如Matlab, Xmath,MLAB等。这类软件对大批数据具有较强的管理、计算和可视化能力,运行效率高。另一类是数学分析(Math Analysis)型软件,如Mathematica\Maple,Macsyma等。它们以符号计算见长,并可得到解析符号解和任意精度解,但处理大量
量数据时运行效率较低。经过多年的国际竞争,MATLAB已经占据了数值型软件市场的主导
地位,处于其后的是Xmath;而Maple,Mathematica,Macsyma位居符号软件的前三名(见IEEE Spectrum).
在国际流行的科技应用软件中,Mathcad 别具特色。该软件的开发商Mathsoft公司一开始就把面向教学和办公作为Mathcad的市场目标。在对待数值计算、符号分析、文字处理、图形能力的开发商,不以专业水准为追求,而尽力集各种功能于一体。 MathWorks公司顺应多功能需求之潮流,在其卓越数值计算和图视能力的基础商,又 率先在专业水平上开拓其符号计算,文字处理,可视化建模仿真和实时控制能力,精心营造适合多学科、多部门要求的新一代科技应用软件MATLAB.
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Maple作为一个计算机代数系统的名字,并不是某个英文词组打头字母的缩写,取这个名字主要是为了标明这个数学软件是加拿大产生的。Maple是原生于加拿大的一种枫树的名字,加拿大国旗上的图案就是这种枫树的叶子。
1980年9月,加拿大Waterloo大学的符号计算机研究小组成立,开始了符号计算的计算机实现的研究项目,数学软件Maple是这个项目的产品。十多年来,参与这个项目的数学家,计算机科学家以及众多的Maple用户为Maple软件的发展付出了艰辛的劳动。目前,这仍是一个在研究的项目,拥有两个研究中心,一个在加拿大的Waterloo大学,另一个在瑞士的Zurris。Maple的第一个商业版本Maple version3.3是1985年出版的,随后,几经更新,到1992年,Windows操作系统下的Maple V release2面世后。Maple被广泛地使用,得到越来越多的用户。特别是1994年,Maple V R3出版后,兴起了Maple热。1996年初,Maple V R4出
版了,Maple的功能更加完善。Maple的用户对Maple及Maple的发展更加充满信心,因为一旦掌握了Maple,个人的数学处理能力将与Maple作为软件同步发展。这也是我们选择Maple作为计算机数学实验软件的一个重要原因。
Maple是一个对大众公开的计算机代数系统,它适合在多种计算机上使用。Maple主要由三部分组成:用户界面(Iris),代数运算器(kertnel),外部函数库(external library)。用户界面和代数运算器使用C语言写成,只占整个软件的一小部分,当系统启动时,即被装入。Iris负责输入数学表示的初步处理,显示结果,函数图象的显示等。kernel经行输入的编译,基本的代数运算,如有理运算,初等代数运算等,kernel还包含一些基面(worksheet)中的每一个变量都被留存,这给使用者带来很大的方便,我们可以反复使用以计算过的式子。
Maple的部分数学函数和过程是Maple自身的语言写成的,存于外部函数库中。当一个函数被调入时,在多数情况下,Maple会自动将该函数的过程调入内存,一些不常用的函数需要用户将他们调入,另外有一些特别的程序包需要用户调入,如线行代数,数论,统计等。这使Maple在计算机资源的使用上有很大的优势,只有最有用的东西才留驻内存,
这是Maple可以在较小内存的计算机上正常使用的原因。
Maple语言是一种结构良好、实用的高级语言,它支持多种数据结构:特别是函数、序列、集合、列表、数组、表,包含许多数据操作命令,如类型检验、选择、组合等。用户可以查看Maple的非内部函数的源程序,用户也可以将自己编的函数、过程加到Maple的程序库中,或建立自己的函数库。这给个人用户带来很大的方便,因为个人往往是在某一领域中工作。
Maple的最大好处在于它的界面非常友好,它有一个非常好的帮助系统;又因多数函数的调用命令与该函数的名字相同,所以非常容易记忆;第三是Maple有一定的决策能力,在一些情况下Maple可以选择合适的算法。
Maple的输出有多种形式。
LATEX是国际通用的编辑数学和科技论文的语言,但是LATEX的
公式输入是比较麻烦的,一是命令很多不容易记忆,二是最后的结果在输入时看不到,很容易搞错,三是当输入一些计算结果时输入量很大。Maple的LATEX输出为数学论文的撰写带来方便,对一些数学式子的LATEX输入,我们可以先在Maple下显示出来,没有错误后,用Maple的LATEX转换功能,将公式转换成LATEX的语句,剪切到所编辑的LATEX源文件中。最方便是将Maple的计算结果按LATEX输出,此外还可以将Maple的整个工作页公式输入是比较麻烦的,一是命令很多不容易记忆,二是最后的结果在输入时看不到,
很容易搞错,三是当输入一些计算结果时输入量很大。Maple的LATEX输出为数学论桅撰写带来方便,对一些数学式子的LATEX输入,我们可以先在Maple下显示出来,没误后,用Maple的LATEX转换功能,将公式转换成LATEX的语句,剪切到所编辑的LAT 文件中。最方便是将Maple的计算结果按LATEX输出,此外还可以将Maple的整个页转换成LATEX的形式。Maple的LATEX转换功能已被Windows环境下的LATEX编辑软件tific Word接受,并作为一种固定的格式。
除了LATEX输出外,Maple还可以进行Fortran、C语言的输出,在Fortran或C的编程一个麻烦是编写较大数学公式的程序,Maple可以解决这个问题,并可以对程序处理。这样,Maple可以作为一个实验台,一个实验成功的算法,再用ISML转换成 用的Fortran或C程序。这样做,可以大大地提高工作效率,缩短数学应用软件的开期。
总之,Maple是一个功能 强大、容易掌握、不断发展的计算机数学软件。有了良好学基础加上Maple就能使你如虎添翼,有能力和信心去解各种各样的数学计算问题
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SAS
SAS系统是一个由三十多个专用模块组成的大型集成式软件包。其功能包括客户机/服务器计算、数据访问、数据存储及管理、应用开发、图形处理、数据分析、报告编制、质量控制、项目管理、运筹学方法、计量经济学与预测等。实际使用时可以根据需要选择相应的模块。SAS主要有如下模块:
SAS基本部分:称为SAS/BASE。可以完成基本的数据管理工作和数据统计工作,是SAS系统的基础,所有其它SAS模块必须与之结合使用。
SAS分析核心:这一部分是SAS系统的灵魂。它提供了严肃的,权威的数据分析与决策支持功能。包括SAS/STAT(高级统计),SAS/ETS(时间序列分析),SAS/IML(交互式矩阵语言),SAS/OR(运筹学),SAS/QC(质量控制),SAS/INSIGHT,SAS/LAB,...
SAS开发工具:面向对象的开发工具,可以定制信息处理应用系统。包括SAS/AF,SAS/EIS(经济信息系统),SAS/GRAPH(图形处理)等模块。
SAS分布式处理及数据仓库设计:此部分为SAS的高级数据处理功能。包括SAS/ACCESS,SAS/CONNECT,SAS/SHARE等模块。
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Latex
LaTeX 语言是由美国学者 Knuth 教授主持开发的,1980 年开始运行后立即得到
好评。加之当时没有 Microsoft Word 这样的软件,所以马上就在学术界普及开来了。当时可能没有相应的好软件和它并存,故它在科学界称为最好的排版工具。不过今天看来,它的功能远比 Word 这样所谓的“所见即所得”排版软件高得多。其交叉引用功能、浮动图形功能、数学公式排版等远非 Word 能企及。想一下这样几个例子:
你在撰写学位论文,开始计划写 5 章,其中第 5 章已经排版完成,这时你导师突然告诉你,在第 2 章前面加“数学背景”一章,这时你怎么办?用 Word 排版显
然你要手动地将第 5 章改成第 6 章,其中所有的数学公式序号都要改,这样的工作量有多大。等你好不容易完成了,你导师又说,把第 2 章和第 3 章合并可能更好,你这时会觉得脑袋发大吗?
在同一章中,你花了好几天的时间将本章的图都排好了,你导师说,前面叙述不充分,再不半页内容吧。可能就因为这一句话,你得忙活几天。
有 Word 经验的人知道,其数学公式实际上是由嵌入对象的形式完成的。没一个公式都是一个嵌入的对象。假设你导师要求你将全文中的 t 改成 t, 若不逐一手动替换,你能有其他方法实现吗?LaTeX 绝无此问题。
Word 作为文秘人员的工具是很实用的,但不适合于专用人员的排版。其数学公式的效果实在离规范的出版档次差太远。我几本著作的读者可能对比一下,我书中的数学公式效果用 Word 能排出来吗?
你阅读用 Word 排的学位论文时,是否经常发现参考文献序号与正文的引用出对不上,用 LaTeX 则不应该有此问题。
LaTeX 功能十分强大,但以前处理中文有问题。后来中科院科学工程研究所的张林波研究员成功地开发出了 CCT 系统,在国内广泛应用。我的几本著作得益于张先生的软件并得到了他亲自的指导,在此特表谢意。随着 Windows 技术的普及,采用 CCT 也有不便之处,所以我现在已经开始使用 MikTeX 与 CJK 的结合。这些软件都是免费的,从 C-TeX 网站上都能下载。为方便访问者,这里给出我的剪裁和建议。
下载 MikTeX 1.20e (22 MB), 现在 MikTeX 2.0 测试版已经出来了,但和 CJK (
即中、日、韩文支持) 和它的接口不完善。
下载 CJK (1.89 MB), 此程序经 C-TeX 网站的站长处理过,可直接安装设置。
下载 WinEdt 5 (2.54 MB) 和其 4 号补丁程序 (819KB)
安装步骤:
解开 MikTeX 1.20e 压缩文件到某一目录,然后运行 setupwiz.exe程序,安装全
部MikTeX 1.20e
修改 C:\autoexec.bat, 将 c:\texmf\miktex\bin 加到路径内,并重新启动。
安装完成就可以再安装 WinEdt 了。标准安装程序。安装完将Patch4文件解开,覆盖C:\Program Files\WinEdt中的相应程序即可。这样就可以无误地使用英文版了。
通过想使用中文版,还应该安装 CJK (推荐),按照提示的步骤进行安装。生成字
库。安装完成后,启动 Program->MikTeX 1.20->Maintain->Refresh filename Data。
全部完成后就可以使用 WinEdt + MikTeX + CJK了。
(00-12-08) 几天前,MikTeX 2.0 测试版的 v7 已经问世了,你若删除了原有的
MikTeX, 再安装这个版本,而保留你原来的 CJK 的目录及内容,那么中文还是可以使用的。MikTeX 2 确实好用!(以前一个大文件用 PCTeX 高版本编辑的,在 MikTeX 1.20e 下无法正常编译,而在 2.0 下完全没问题), 本站郑重推荐使用。(离 2.0 正式版推出可能还有一段时间,看该进度才进行 90% 左右)。
MikTeX 2.0 beta v7 (29.9MB)下载, 在包中不包含德文等其他文字的支持,如果
需要这方面的包,请直接去 MikTeX <主页网址> 下载。现在已经出到 beta 9 了
。 (00-12-12) 给 MikTeX 配套的 WinEdt 前几天又推出了新版 5.2 版。
经过试用发现该版本很实用,比如在编辑图形时,双击 Yap 显示的预览将直接进
到 tex 的图形文件中。当然还可能有其他好的特色本人没发现。不过值得一用。
下载 WinEdt 5.2 (3.56MB), 该开发者的官方网址 www.winedt.com
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SPSS是软件英文名称的首字母缩写,原意为Statistical Packae for the Social Sciences,即“社会科学统计软件包”。最近,伴随SPSS产品服务领域的扩大和服务深度的增加,SPSS公司已决定将之英文全称更改为Statistical Product and Service solutions,意为“统计产品与服务解决方案”
1968年,美国三位斯坦福大学的学生开发了最早的SPSS统计软件系统,并基于这一系统于1975年在芝加哥合伙成立了SPSS公司。迄今SPSS软件已有30余年的成长历史。全球约有25万家产品用户,它们分布于通讯、医疗、银行、证券、保险、制造、商业、市场研究、科研教育等多个领域和行业,是世界上应用最广泛的专业统计软件。
1994至1998年间,SPSS公司陆续购并了SYSTAT公司、BMDP软件公司、Quantime公司、ISL公司等,并将各公司的主打产品收纳SPSS旗下,从而使SPSS公司由原来的单一统计产品开发与销售转向企业、教育科研及政府机构提供全面信息统计决策支持服务,成为走在了最新流行的“数据仓库”和“数据挖掘”领域前沿的一家综合统计软件公司。
SPSS为您提供揭示客户需求、预测客户行为的解决方案, 并把客户关系管理(CRM)和商业智能(Business intelligence)有机地结合在一起, 使您和您的客户之间可以建立更好的互动关系。SPSS 解决方案广泛应用于市场研究、电信、卫生保健、银行、财务、金融、保险、制造业、零售等领域。
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Mathematica是美国Wolfram Research公司开发的数学软件。它的主要使用者是从事理论研究的数学工作者和其它科学工作者、以及从事实际工作的工程技术人员。Mathematica可以用于解决各种领域的涉及复杂的符号计算和数值计算的问题。它代替了许多以前仅仅只能靠纸和笔解决的工作,这种思维和解题工具的革新可能对各种研究领域和工程领域产生深远的影响。
Mathematica可以做许多符号演算工作:它能进行多项式的计算、因式分解、展开等。进行各种有理式计算,求多项式、有理式方程和超越方程的精确解和近似解。进行数值的或一般代数式的向量、矩阵的各种计算。求极限、导数、积分,幂级数展开,求解某些微分方程等。Mathematica还可以做任意位数的整数或分子分母为任意大整数的有理数的精确计算,做具有任意位精度的数值(实、复数值)的计算。所有Mathematica系统内部定义的整函数、实(复)函数也具有这样的性质。使用Mathematica可以很方便地画出用各种方式表示的一元和二元函数的图形。通过这样的图形,我们可以立即形象地把握住函数的某些特性,而这些特征一般很难从函数的符号表达式中看清楚。
Mathematica的能力不仅仅在于上面说的这些功能,更重要的在于它把这些功能有机地结合在一个系统里。在使用这个系统时,人们可以根据自己的需要,一会儿从符号演算转去画图形,一会又转去做数值计算。这种灵活性能带来极大的方便,常使一些看起来非常复杂的问题变的易如反掌。在学习和使用Mathematica的过程中读者会逐步体会这些。
Mathematica还是一个很容易扩充和修改的系统,它提供了一套描述方法,相当于一个编程语言,用这个语言可以写程序,解决各种特殊问题。
Matlab是“Matrix Laboratory”的缩写,意为“矩阵实验室”,是当今很流行的科学计
算软件。信息技术、计算机技术发展到今天,科学计算在各个领域得到了广泛的应用。在许多诸如控制论、时间序列分析、系统仿真、图像信号处理等方面产生了大量的矩阵及其他计算问题。自己去编写大量的繁复的计算程序,不仅会消耗大量的时间和精力,
减缓工作进程,而且往往质量不高。美国Mathwork软件公司推出的Matlab软件就是为了给人们提供一个方便的数值计算平台而设计的。
http://www.simwe.com/forum/
仿真论坛
上面很多介绍MATLAB等的资料,SPASS好像也有

